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2001年国务院通过了财政部提出的《财政预算国库管理制度改革方案》，标志着我国国库制度改革的正式启动。实行国库集中支付制度，就是以国库单一账户体系为基础，以健全的财政支付信息系统和银行间实时清算系统为依托，在预算单位动用财政性资金购买商品、劳务和支付款项时，由其提出申请，经国库集中支付机构审核后，将资金通过国库单一账户体系支付给收款人。这种制度减少了财政支出的中间环节，有效防止了财政资金被挤占、截留、挪用等问题，从源头上预防和遏制了贪污腐败，确保了财政资金的使用效益。可以说，推行国库集中支付制度改革，具有重要的现实意义。
当前我国国库集中支付制度的运行是：由政府财政部门在人民银行开设国库单一账户，财政一般预算、基金预算、和财政专户管理的预算外资金等均通过国库单一账户统一存储和实行国库集中支付。预算资金不再拨付给各单位分散保存；各单位可根据自己履行职能的需要，在批准的预算项目和额度内自行决定购买何种商品和劳务，但支付款项要由财政部门来进行审核；国库执行机构通过直接支付和授权支付拨付财政资金。
二、国库集中支付改革进程中存在的问题
从现行情况看来，国库集中支付改革进展顺利，运行良好，取得了较为显着的成效。但在运行过程中，也还存在一些困难和问题。
1.单位人员财务素质欠缺，执行过程中出现偏差
财政性资金支付和流转方式的变化使得现行财务管理存在一些不适应的地方，部分单位人员财务素质欠缺，对政策认识不够，按规定，单位财务人员要按照财经法律、法规和会计制度，对本单位经济活动的真实性、合法性负审核和监督的责任，但从实际情况看，有相当一部分预算单位的财务经办人员是由本单位一般工作人员兼任，他们不懂财务工作，有的连最起码的财务制度和会计科目都不懂，导致对国库支付政策理解不到位，执行过程中出现偏差，增加了国库集中支付改革的难度。
2.预算编制比较粗糙，预算编制不合理
国库集中支付制度要求部门预算具体而准确，而我国目前的预算编制比较粗糙、预算科目比较笼统，预算编制不合理，不够细化，存在随意调整预算以及超预算、扩大预算范围等行为，不利于国库集中支付制度的运行，所以有必要从功能上、性质上进行预算科目规范分类，建立多级预算体系，每项支出都要有相应的科目，并在一套科目中反映。
3.资金支付过程中存在违规现象
资金支付过程中存在违规现象，部份单位仍然保留着一个原有的基本户，以保证各项收支的正常运行。一些单位由于担心财政部门会收回年底未用完结余资金或者担心财政会因本年度的资金未用完而减少单位下一年度的经费，年底采取各种方法支取完零余额账户资金。一方面年终大量支取零余额账户资金，把不该财政用款的支出也用财政经费支出；另一方面采用提取现金方式、转储大额定期存单以及向本单位其他账户划拨资金的方式使年终零余额账户不会出现结余。
三、完善国库集中支付制度的建议
实行国库集中支付制度是深化财政改革和完善财政管理的必要举措，是经济发展的必然要求。国库集中支付改革影响大、涉及面广、环节复杂，要达到预期的目标，还需要参与单位的协作、有效的监督和完善的制度。针对国库集中支付改革过程中带来的变化和出现的问题我们应着力分析问题，解决问题，进一步推进国库集中支付改革进程。
1.增强改革意识，加强业务技能培训，提高财务人员的业务水平
加强单位财务人员培训，提高其业务素质。会计核算、支付方式随着国库集中支付改革发生很大的变化。这就要求有更多综合素质高、政策水平好的财会人员与之配套，我们必须加大对财务人员的培训力度，规范核算操作。使广大财务人员对国库集中支付政策熟悉，了解有关的操作程序，能够正确的进行会计核算。一是应加强单位财务人员专业知识的培训，至少应具有会计从业资格证，把具有较高业务素质和较好职业道德的财务人员吸收到该岗位上来；二是建立起单位财务人员业绩考评机制。由财政部门具体负责，每年对各预算单位财务人员进行一次客观、全面的考核，对业绩突出的，由财政部门给予表彰，使其积极性、创造性得到充分的发挥，业务素质得到较好的提高。
2.继续推进深化部门预算改革进程，切实提高预算编制和管理水平
（1）改变预算年度的历年制为跨年制。我国的预算年度是1月1日到12月30日，即历年制，但审批预算的各级人大一般都是在3月或更晚一些时候开会，这使得前几个月的预算执行缺乏法律依据。我国可以借鉴国外实行跨年制，这样可使预算草案在预算执行前就得以通过，全年的预算都有法律依据。
（2）在部门预算编制环节，在实施综合财政预算的基础上，努力做到零基预算和细化预算。特别是在编制支出预算时，应从单位当年实际需要出发，结合当年财力状况，来核定具体支出额度，并明确各项支出的方向和用途，专项资金应力求细化到具体项目。只有在细化了的单位预算和年初预算到位的情况下，单位用款计划编制准确，集中支付才能确保单位工作的正常运转，国库集中支付制度改革目标才能得以顺利实现。
（3）在部门预算执行环节，应进一步强化预算的刚性约束。一方面应在集中支付环节强化预算执行，防止随意调整追加预算以及超预算、扩大预算范围等行为的发生；另一方面建议建立合理、规范的预算调节机制，赋予主管单位和财政部门一定的预算调整权力，使预算单位在实际情况发生变化时，可以快捷、简便、高效地调整预算。
总之，国库集中支付制度的目的是为了从根本上提高财政资金的使用效率，但国库集中支付制度要真正达到预期的目的，必须加强财务人员的培训和管理，强化预算执行，不断完善制度建设和网络建设，提高资金使用效率，防止财政资金被挤占、截留、挪用等问题的发生，从源头上预防和遏制了贪污腐败，确保财政资金的使用效益。
当前我国国库集中支付制度的运行是：由政府财政部门在人民银行开设国库单一账户，财政一般预算、基金预算、和财政专户管理的预算外资金等均通过国库单一账户统一存储和实行国库集中支付。预算资金不再拨付给各单位分散保存；各单位可根据自己履行职能的需要，在批准的预算项目和额度内自行决定购买何种商品和劳务，但支付款项要由财政部门来进行审核；国库执行机构通过直接支付和授权支付拨付财政资金。
二、国库集中支付改革进程中存在的问题
从现行情况看来，国库集中支付改革进展顺利，运行良好，取得了较为显着的成效。但在运行过程中，也还存在一些困难和问题。
1.单位人员财务素质欠缺，执行过程中出现偏差
财政性资金支付和流转方式的变化使得现行财务管理存在一些不适应的地方，部分单位人员财务素质欠缺，对政策认识不够，按规定，单位财务人员要按照财经法律、法规和会计制度，对本单位经济活动的真实性、合法性负审核和监督的责任，但从实际情况看，有相当一部分预算单位的财务经办人员是由本单位一般工作人员兼任，他们不懂财务工作，有的连最起码的财务制度和会计科目都不懂，导致对国库支付政策理解不到位，执行过程中出现偏差，增加了国库集中支付改革的难度。
2.预算编制比较粗糙，预算编制不合理
国库集中支付制度要求部门预算具体而准确，而我国目前的预算编制比较粗糙、预算科目比较笼统，预算编制不合理，不够细化，存在随意调整预算以及超预算、扩大预算范围等行为，不利于国库集中支付制度的运行，所以有必要从功能上、性质上进行预算科目规范分类，建立多级预算体系，每项支出都要有相应的科目，并在一套科目中反映。
3.资金支付过程中存在违规现象
资金支付过程中存在违规现象，部份单位仍然保留着一个原有的基本户，以保证各项收支的正常运行。一些单位由于担心财政部门会收回年底未用完结余资金或者担心财政会因本年度的资金未用完而减少单位下一年度的经费，年底采取各种方法支取完零余额账户资金。一方面年终大量支取零余额账户资金，把不该财政用款的支出也用财政经费支出；另一方面采用提取现金方式、转储大额定期存单以及向本单位其他账户划拨资金的方式使年终零余额账户不会出现结余。
三、完善国库集中支付制度的建议
实行国库集中支付制度是深化财政改革和完善财政管理的必要举措，是经济发展的必然要求。国库集中支付改革影响大、涉及面广、环节复杂，要达到预期的目标，还需要参与单位的协作、有效的监督和完善的制度。针对国库集中支付改革过程中带来的变化和出现的问题我们应着力分析问题，解决问题，进一步推进国库集中支付改革进程。
1.增强改革意识，加强业务技能培训，提高财务人员的业务水平
加强单位财务人员培训，提高其业务素质。会计核算、支付方式随着国库集中支付改革发生很大的变化。这就要求有更多综合素质高、政策水平好的财会人员与之配套，我们必须加大对财务人员的培训力度，规范核算操作。使广大财务人员对国库集中支付政策熟悉，了解有关的操作程序，能够正确的进行会计核算。一是应加强单位财务人员专业知识的培训，至少应具有会计从业资格证，把具有较高业务素质和较好职业道德的财务人员吸收到该岗位上来；二是建立起单位财务人员业绩考评机制。由财政部门具体负责，每年对各预算单位财务人员进行一次客观、全面的考核，对业绩突出的，由财政部门给予表彰，使其积极性、创造性得到充分的发挥，业务素质得到较好的提高。
2.继续推进深化部门预算改革进程，切实提高预算编制和管理水平
（1）改变预算年度的历年制为跨年制。我国的预算年度是1月1日到12月30日，即历年制，但审批预算的各级人大一般都是在3月或更晚一些时候开会，这使得前几个月的预算执行缺乏法律依据。我国可以借鉴国外实行跨年制，这样可使预算草案在预算执行前就得以通过，全年的预算都有法律依据。
（2）在部门预算编制环节，在实施综合财政预算的基础上，努力做到零基预算和细化预算。特别是在编制支出预算时，应从单位当年实际需要出发，结合当年财力状况，来核定具体支出额度，并明确各项支出的方向和用途，专项资金应力求细化到具体项目。只有在细化了的单位预算和年初预算到位的情况下，单位用款计划编制准确，集中支付才能确保单位工作的正常运转，国库集中支付制度改革目标才能得以顺利实现。
（3）在部门预算执行环节，应进一步强化预算的刚性约束。一方面应在集中支付环节强化预算执行，防止随意调整追加预算以及超预算、扩大预算范围等行为的发生；另一方面建议建立合理、规范的预算调节机制，赋予主管单位和财政部门一定的预算调整权力，使预算单位在实际情况发生变化时，可以快捷、简便、高效地调整预算。
总之，国库集中支付制度的目的是为了从根本上提高财政资金的使用效率，但国库集中支付制度要真正达到预期的目的，必须加强财务人员的培训和管理，强化预算执行，不断完善制度建设和网络建设，提高资金使用效率，防止财政资金被挤占、截留、挪用等问题的发生，从源头上预防和遏制了贪污腐败，确保财政资金的使用效益。