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根据NCBI上的DNA拓扑异构酶Ⅱ基因序列设计兼并引物，采用常规PCR、降落PCR、巢式PCR三种方法扩增糙皮侧耳和阿魏侧耳的拓扑异构酶Ⅱ部分基因序列，比较三种方法扩增效果的特异性、灵敏度。结果表明，巢式PCR的灵敏度和特异性都优于常规PCR和降落PCR，并且巢式PCR的灵敏度是常规PCR灵敏度的100倍以上，更加适合兼并引物扩增。这对利用兼并引物获取特异基因具有指导意义。