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在测试被审计单位内部管理控制制度基础上实施审计已成为现代审计的主要特征。我国金融审计、企业审计曾应用这种审计方法，但在财政审计领域尚未实施。针对海关系统通关作业管理模式改革，通过分析现有的审计条件以及海关业务现状，在两个海关审计中运用了内部控制制度测试基础上开展关税审计，取得良好效果。本文以海关加工贸易和减免税业务为例对内控制度基础上的关税审计予以介绍。