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【目的】SNPs和SSRs标记在功能基因的识别和定位等方面具有重要作用。【方法】利用GATK和MISA软件分别分析狗牙根转录组测序数据的SNPs和SSRs。【结果】基于转录组数据搜索到297542个SNP位点,主要以转换型为主;搜索到分布于18982条Unigene中的22154个SSR位点,发生频率为12.89%,SSR位点主要以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复为主,三者合计占比为94.99%,其中AG/CT和CCG/CGG分别在二核苷酸和三核苷酸重复中占比最高;基序长度在12~20 bp的SSRs数量