对麝Moschusspp.的分子系统进化地位进行了再研究。结果表明,不同的基因及序列长度、分析中不同的物种数目、不同的分析方法对研究结果产生明显影响。在用线粒体Cytb、16S rRNA基因及二者的连接序列分别构建的NJ、MP树中,都支持麝与鹿有更近的亲缘关系。在使用γ干扰素核基因的编码序列构建的NJ树中,显示麝与鹿也有较近的亲缘关系;而MP树则暗示麝与牛科有更近的亲缘关系。当选用包括林麝在内的18个物种,使用线粒体基因组重链上12个蛋白编码基因的核苷酸串连序列构建系统发生树时,在NJ、MP、ML和BI树中都支持麝与鹿有更近的亲缘关系,与选用23个物种得到的支持麝为鹿科/牛科二者共同姐妹群的结果存在明显差异。这可能是因为麝科与鹿科和牛科的亲缘关系较近,分歧时间较短,其分子片段所累积的进化信息较少,而且不同的分子片段进化速率不一致等造成的。因此,要彻底解决麝在偶蹄目中的进化地位必须要找到更适合的分子标记。