【摘 要】
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试验旨在分析狼山鸡基因组选择信号,发掘狼山鸡重要种质特性基因.采用简化基因组RAD-seq测序鉴定狼山鸡及其他18个地方鸡种基因组SNP标记,构建系统进化树阐明狼山鸡的遗传结
【机 构】
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江苏省家禽科学研究所 ,扬州 225125如东县狼山鸡种鸡场 ,南通 226400;
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试验旨在分析狼山鸡基因组选择信号,发掘狼山鸡重要种质特性基因.采用简化基因组RAD-seq测序鉴定狼山鸡及其他18个地方鸡种基因组SNP标记,构建系统进化树阐明狼山鸡的遗传结构,采用ZHp选择信号检测方法鉴定狼山鸡基因组受选择区域(基因).结果 显示,在狼山鸡中鉴定出320874个SNPs.19个地方鸡种总体上聚为五大类,与品种形成历史和区域分布基本一致.狼山鸡16个常染色体上的46个区域受到选择作用(Z H p<-3.5),包含122个受选择基因,其中部分区域在遗传聚类同分支的安义瓦灰鸡(15个区域)、边鸡(14个区域)、大骨鸡(11个区域)和北京油鸡(13个区域)中也受到选择.GO分析结果显示,狼山鸡122个受选择基因显著富集在血细胞生成、转录调控、嗜酸性粒细胞趋化、骨化等生物学过程(P<0.05).KEGG分析结果显示,狼山鸡122个受选择基因显著富集在心肌细胞肾上腺素能信号传导、Toll样受体信号通路、Ca2+信号通路、细胞质DNA传感通路、NOD样受体信号通路等(P<0.05).选择作用主要体现在对狼山鸡刺激响应、先天免疫、代谢、神经系发育等方面的塑造.研究结果可为狼山鸡品种评价、保护及利用提供重要遗传信息.
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