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从已定位于家猪01、02、11、13、17、18号染色体上的遗传标记中选用56个具有足够覆盖率的微卫星标记，对1个连续5代近交家系共192头家猪进行了基因组扫描分析。用平均微卫星标记杂合度估计基因组杂合度（GH）。GH对于屠宰重（SWT）和日均屠宰重（ADSG）为显著正相关效应，对于背膘厚（BFDP）的相关效应不显著且方向也不一致。GH的相关效应随近交世代递增而呈非线性变化趋势：GH对于SWT和ADSG的相关效应在近交前2世代呈上升趋势，2世代分别到达最大值（22.43kg和0.132kg ／ d），此后随近交世代的递增而递减；GH对于BFDP的相关效应随世代递增而非线性递减。微卫星杂合度的相关效应在不同染色体间存在较大差异，对SWT和ASDG均表现为正效应，其中又以13号染色体标记杂合度的相关效应为最大（6.306kg和0.032kg ／ d），其次依次为1号、17号、18号、2号和11号。各染色体微卫星标记杂合度对于BFDP的相关效应估值的标准误差大，且效应方向不一致（18号染色体为正效应，其余染色体为负效应）。由此得到如下3点启示：第一，对于经济性状重要的基因（e.g.QTL）不是均衡分布于各条染色体上，此差异可能反应出生物性状决定在染色体以及分子分工上的差异；第二，由于基因、基因互作和基因组背景效应的复杂性，基因（组）杂合度与性能间不为简单的相关关系。该关系还可能由于标记数目不够或是标记选择不适当而误导；第三，由于高度近交（如连续同胞交配）下较高的连锁不平衡所致，有害基因可能以较高的概率与中性标记连锁遗传，由此可能部分或全部抵消杂合优势的表现，甚至出现杂合劣势。