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会计电算化以其高效、自动、方便、准确、及时等优点正日益受到广大会计人员的欢迎，提高了工作效率；提高了会计工作效率及质量，减少了误差，但医院在运行会计电算化的过程中，因一些人为因素或其它因素的影响导致出现这样或那样的问题，如会计电算化没有发挥财务管理、分析职能、缺乏事中控制、软件的功能不完善、无标准数据共享接口等问题，从分析医院会计电算化运行过程中常见问题入手，为改进和加强医院会计服务工作指明了方向，可借参考。