【摘 要】
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目的 对丙二酸盐克罗诺杆菌外膜蛋白OmpA蛋白的结构与功能进行预测与分析.方法 从NCBI数据库获取丙二酸盐克罗诺杆菌外膜蛋白OmpA蛋白的氨基酸序列,利用ProtParam程序、ProtScal程序对OmpA蛋白的理化性质、亲疏水性进行分析,使用SignalP 5.0程序、TMHMM 2.0程序及NetPhos 3.1程序对OmpA蛋白的信号肽、跨膜结构域及磷酸化位点进行分析,运用改进的SOPMA算法、SWISS-MODEL程度对OmpA蛋白的二三级结构进行分析;同时,OmpA蛋白的B细胞/T细胞抗原表
【机 构】
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安徽三联学院 基础实验教学中心,安徽 合肥 230601
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目的 对丙二酸盐克罗诺杆菌外膜蛋白OmpA蛋白的结构与功能进行预测与分析.方法 从NCBI数据库获取丙二酸盐克罗诺杆菌外膜蛋白OmpA蛋白的氨基酸序列,利用ProtParam程序、ProtScal程序对OmpA蛋白的理化性质、亲疏水性进行分析,使用SignalP 5.0程序、TMHMM 2.0程序及NetPhos 3.1程序对OmpA蛋白的信号肽、跨膜结构域及磷酸化位点进行分析,运用改进的SOPMA算法、SWISS-MODEL程度对OmpA蛋白的二三级结构进行分析;同时,OmpA蛋白的B细胞/T细胞抗原表位、相互作用蛋白分别采用BepiPred程序/SYFPEITHI程序、STRING程序进行分析.结果 丙二酸盐克罗诺杆菌LMG 23826由347个氨基酸组成,定义OmpA蛋白为稳定疏水性蛋白.该蛋白含有信号肽,不含有跨膜区,是一种外膜蛋白.结论 OmpA蛋白为疏水性外膜蛋白,具有潜在的B、T细胞抗原表位,可为其抗原性研究和高效表位疫苗的研发提供理论参考.
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