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科研是推动民办高职院校高质量发展的重要基础。然而,相比公办高职院校,作为制度化活动的科研并未在民办高职院校推广开来。基于社会学新制度主义视角,遴选了1所案例学校,深入探究民办高职院校科研行动困境的根源。研究发现,民办高职院校科研行动在组织层面受到制度环境与技术环境的形塑,效率机制的影响明显大于合法机制,由于两大机制无法实现匹配,科研制度安排受到消解;在个体层面受到制度的规制性要素、规范性要素和文化—认知性要素的形塑,未形成有效的科研激励机制,导致科研沦为符号般的存在。为走出困境,应从改善民办高职院校基本办学条件入手,树立应用导向科研定位,激发科研内生动力,从而推动民办高职院校科研的高质量发展。