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动物肠道中寄生着种类繁多、数量巨大的微生物，它可以帮助消化食物产生一些必需的氨基酸和维生素，对机体的生长有一定的促进作用。并且这些微生物主要是由大量细菌组成的。微生态学研究表明，环境条件的轻微改变均可导致机体微生态系统的变化，造成菌群失调。肠道微生态系统的破坏还可引起内外源性感染，干扰机体营养代谢和免疫功能甚至严重影响机体健康状态，导致一系列疾病的发生。因此对肠道菌群结构多样性及种群动态变化进行研究具有至关重要的意义。