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分子生态学的发展揭开了生物多样性保护研究的新篇章，分子技术的应用克服了传统生态学法中的一些难题，如野外调查周期长，分辨率有限，实验条件不易控制等，应用各种分子标记（如：RFLP，VNTR，RAPD，DNA测序等）可以分析种群地理格局和异质种群动态，确定种群间的基因流，研究瓶颈效应对种群的影响以及确定个体间的亲缘关系等等，所有这些研究都是指导物种保护和淑危种群的恢复所必要的，种或品系特异性的分子标记技术能够解决形态分类中的模糊现象，确定基于遗传物质的谱系关系，还可以用来分析近缘种间杂交问题，这些问题的解决有