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从和动物胃肠道正常微生物群落对窠主有营养、提高防卸能力、增强免疫力的作用，能克服抗生素的弊端，促进机体胃肠道正常生态平衡的恢复和稳定。研究胃肠微生物群萍尤其要注意取样、厌氧菌的培养和鉴定这三个关键步骤。人和动物胃肠道的优势菌有双杆菌、乳杆菌、类杆菌、消化球菌和消化链球菌等，其中前两者对宿主意义非常重大。