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大学学术组织的分层治理既是大学内部治理现代化的时代要求,也是有针对性地开展"双一流"建设的现实路径。校级层面学术组织"质量保障"功能缺失、中层学术组织"协同创新"机制不足、基层学术组织"学术文化"彰显不够是"双一流"建设背景下面临的制度困境。"完善校级学术组织,强化统筹谋划和评估职能;优化中层学术组织,促进多学科知识的交叉融合;整合基层学术组织,培育‘互促共生’的文化生态"是大学学术组织分层治理的逻辑路向。