理想的临床转归是制定HBV抗病毒治疗短期、长期和特需目标的出发点及归宿，可采用直接指标和替代指标进行评估。直接指标多需长期随访才能评估，包括肝组织学的改善程度、肝硬化和肝细胞癌的发生发展、病死率和生存率、生存时间和生活质量、母婴传播阻断率、肝移植后HBV再感染阻断率等。替代指标是指评估治疗应答、治疗终点以及判断"临床治愈（功能性治愈）"、"准临床治愈（准功能治愈）"、"免疫学治愈"和"病毒学治愈"等"条件性治愈"的各种病毒学、生物化学及无创性肝纤维化指标等。PAGE-B等评分系统对预测肝细胞癌的发生风险有一定价值。"HBsAg转阴"应当以线性HBsAg而不是普通HBsAg检测结果为准。血清HBV前基因组RNA和乙型肝炎核心相关抗原与肝内共价闭合环状DNA的一致性显著优于血清HBV DNA和HBsAg。同时测定血清HBV DNA、HBV前基因组RNA、乙型肝炎核心相关抗原和线性HBsAg，有望更精准地定义慢性HBV感染的自然史、预测远期疗效和临床转归。