【摘 要】
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研究基因组拼接算法,进而更高效地实现全基因组拼接、获取生物体遗传信息,对于生命科学研究具有重要的意义。拼接之前对数据进行一定的预处理。拼接采用经典的DBG算法,分析了
【基金项目】
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中央高校基本科研业务费专项资金资助和中国石油大学(华东)自主创新科研计划资助
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研究基因组拼接算法,进而更高效地实现全基因组拼接、获取生物体遗传信息,对于生命科学研究具有重要的意义。拼接之前对数据进行一定的预处理。拼接采用经典的DBG算法,分析了DBG算法的实现步骤以及需要注意的问题。根据read切割K-mer,然后采用位运算压缩存入Hash表。以有效的K-mer为顶点,相邻的K-mer之间连有向边,建立DBG图,然后在该图中寻找Euler路径。每一条Euler路径对应一条contig。最后进行参数组合实验,并将结果与专业软件CLC的结果进行对比。两者效率相近,说明了算法的高效性。
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