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系统发生 (phylogeny)是指生物之间的进化关系。系统发生分析就是通过比较物种的特征 ,研究物种之间的进化关系。本文主要对系统发生分析中 ,基于全基因组分析的各个特征提取的方法进行了综述。首先阐述了用基于全基因组进行系统发生分析的原因 ,然后介绍了六种基于全基因组的系统发生分析方法 ,最后对这些方法的优缺点进行了总结。