当前对农业全要素生产率的研究很少加入农业碳排放变量进行测度分析。本文选取农业固定资产投资、农业从业人数、农业机械总动力等作为自变量建立超越对数函数模型,并在该模型中加入农业碳排放量及碳排放强度等自变量作为生产技术无效率项,对我国31省(区)农业绿色全要素生产率进行随机前沿分析。结论显示:1998—2014年我国农业绿色全要素生产率增长率的年均值为4. 01%,低于传统全要素生产率增长率,这是由农业碳排放量的上升导致生产技术无效率项扩大而引起农业绿色全要素生产率下降,其中,农业绿色全要素生产率受技术进步变化的驱动作用最大,同时受要素配置效率变化率的制约也较为显著。从农业碳排放强度的区域分布来看,农业碳排放强度较低的地区相对的绿色全要素生产率则较高。最后,从建立绿色农业认定体系、实现农业转型发展和一二三产业融合等三个方面提出相应的建议。