1946年6月，蒋介石撕毁停战协定和政协决议，发动全面内战，大举进攻中国共产党控制下的各解放区。陕北是蒋介石进攻的重点。到了11月以后，延安的临战气氛已经越来越浓。据《杨尚昆回忆录》记载，1946年11月11日，刘少奇在中央党校召开的干部大会上作撤离延安的动员，说胡宗南要进攻延安，因此中央机关将撤出延安。他随后宣布，负责指挥撤离和疏散工作的中央直属纵队的司令员是杨尚昆，副司令员是管行政后勤的邓洁，参谋长是总参作战部部长李涛，一共3个人，负责疏散工作。为了确保档案材料的安全转移，遵照中央秘书长任弼时、中央军委秘书长杨尚昆的指示，1947年3月上旬，由中办秘书处材料科、机要处文电科、中组部材料科、总政治部秘书处资料室等单位组成材料保管委员会，分别携带各自的档案材料撤出延安，由曾三负责统一转移。经清涧到吴堡过黄河，经过一个多月的艰苦跋涉，运到晋绥根据地的兴县刘家曲。1947年4月11日《中共中央关于在晋西北的中央工作机构分为三部分的分配方案》指出：中央和中央军委各机关分为三部分：第一部分留在中央工作，即留在陕北随毛主席、周副主席工作：第二部分去华北中共中央委员会工作，即在刘少奇、朱德身边工作：第三部分留在晋西北革命根据地中央后方委员会工作。中央办公厅各处(局)也相应分作三部分。留在中央后委的中办人员又分两地：一部分住在临县三角镇，在中央后委负责秘书、机要电讯、交通等项业务工作：一部分住在兴县刘家曲。负责档案管理工作。山西兴县刘家曲村，是老革命根据地，中央各机关档案汇集于刘家曲后，遵照中共中央的指示、在曾三主持下进行了划密、按重要性与机密性重新分类整理和编目，并实行了统一管理、统一存毁标准和统一行动规划，对全部档案资料又进一步进行了清理，从而为战时档案管理创造了条件，打下了基础。
　　
　　统一管理档案
　　
　　在抗日战争和解放战争中，凡是各机关、各地方或各部队档案过于分散者，得不到武装部队的有力保护，损失极其严重；凡是坚持党政军档案统一管理者，不但能得到武装保护，也能取得当地党政机关的有力配合，档案损失就小。在1946年10月胡宗南部队进攻陕北，有些单位自行其事，单独把档案运往山区埋藏起来又无力派人保护，结果档案全部丢失。鉴于以往的教训，中央后方委员会决定：在兴县刘家曲的中央各机关档案部门联合组成中央材料保管委员会，由中共中央书记处办公厅秘书处处长曾三具体负责统一管理。
　　1947年3月先后到达刘家曲的有裴桐带领的中央秘书处材料科、赵德芳带领的中央机要处电整科、中央组织部徐迈带领的材料科、总政谢国宝带领的材料组和军委一局材料科的同志等人为组成了中央材料保管委员会，他们的职责就是遵守中央领导的决定，统～纪律，统一行动，确保档案的安全保管。在此期间，他们利用机关暂时待命转移的机会，进行了一次转移前大规模的搜集档案的工作。由于机关的合并或撤销，原来的机关档案必须向秘书处移交，这是铁的纪律。1947年3月党中央撤出延安后，中共中央秘书处长任弼时也发电报通知各有关单位将“所有文件送曾三”，即中央与各地方和各部队的来往文件由曾三统一接收，当然，由于文电分开管理，电报档案仍向机要处电整科转交，由李质忠统一接收，不论是成批的档案移交，或者是零散的文件往来都这样做。转移到兴县后，又有许多个人向秘书处移交了文电，毛主席、周副主席各自带头移交了一箱或两箱子文件。1947年6月11日《周恩来关于将整理的文件交曾三保管给邓颖超电》中说：请贺龙转告邓颖超同志，在去五台开会时“望将整理好的个人文件仍交曾三保管”。在此前后，中央秘书处材料科共接受毛泽东、周恩来、刘少奇和其他高级干部的文电一万六干余件。1947年7月13日《任粥时关于各地送来文件统由曾三收等问题给罗迈、李克农、李涛电》规定了零散文件的交接也由曾三承担。
　　1946年10月以后，有不少单位曾把档案运往陕北山区埋藏起来了。转移到刘家曲后，有的单位要求派人回陕北寻找并处理埋藏在那里的档案材料。曾三将这个问题向正在临县三交镇小住的刘少奇和朱德作了汇报。1947年4月5日《朱德、刘少奇关于中央档案资料的转移和分类原则给中央的报告》中认为此事应由“曾三派入”统一处理。于是，曾三派谷先南和杜思如带领一个小分队回陕北“取回一切带秘密性的文件”。有些秘密档案埋藏地点已被敌军占领，在取回无望的情况下，经请示任弼时同志批准后就地烧掉了。
　　
　　统一存毁标准
　　
　　这是战时管理档案的一个关键问题。什么档案要重点保护，什么档案可以在军情紧急时烧毁，这要有一个标准才行。1947年4月2日，刘少奇、朱德在山西临县三交镇听取了曾三关于档案资料转移情况的汇报，随后两人联名写了《关于档案资料分三类给中央的报告》，指出：一切文件材料均集中交曾三保管，并由贺龙负责一切安全保障之责。并令曾三将所有文件材料分三类：甲、重要而不秘密者，如《向导》、《红旗》及已印刷之各种决定；乙、秘密而不十分重要者，如某些电报、西北局财政计划等：丙、又重要又秘密者。根据刘少奇和朱德的指示，中办秘书处制定了《中秘按重要性与机密性处理文件的规定》，并按此规定组织人力对所有档案材料进行了集中清理。
　　甲类：包括极重要极机密的文件，如中央会议记录、决定、指示，中央领导人手稿等。这类材料为数不多，是所有档案中最精华的部分，指定专人管理和携带，一旦有了危急情况，要重点保护好这部分文件材料。乙类：属于次重要的秘密文件，包括各地方送给中央机关巡视员的调查材料以及与兄弟党关系的材料、党的历史材料、党的组织情况材料等。这部分材料比较多，也需要重点保护，但在紧急情况下，可以先处理。丙类：属于不重要的机密文件，包括事务性报告、信件、经贸账目、过期的情况报告等。这类材料清理出来单独装箱，在军事情况紧急时，可以随时销毁。丁类：重要的公开文件，包括中共中央和各党、政、军、群机关的宣言、传单、标语口号、布告、条例等。由于内容重要，需要精心保管，军情紧急时，也可以隐蔽，但不能轻易销毁。
　　根据朱德和刘少奇关于中央档案按重要性与机密性分类原则，1947年4月中旬，曾三与裴桐合作起草了《中央秘书处关于接重要性与机密性处理文件的规定》，经中央后委杨尚昆批准，作为档案存毁标准在中央各部委档案部门施行。一是，重要的机密文件为甲类。这类文件包括会议记录、指示、领袖内部讲话稿和手稿、重大历史事件的讨论、路线斗争、与别国党的关系及其他机密材料。这 种档案必须指定专人保管或携带，保员与档案“共存亡”。二是，次重要的秘密文件。包括一切未公开的内部文电、例行报告、一般历史事件的材料、个人处分材料、典型调查和检查材料等等。这类档案要认真保护，不准轻易烧掉。三是，重要的公开文电。包括方针政策、法律法令、制度、条例、教材、外交档案(秘密者除外)、公开的情报、公开出版物和照片等。这类档案要切实保管，但在任何情况下也不许烧掉。四是，不重要的文电。这一类材料包括事务、财会、技术性、过时的、非典型性的和无重要内容的一般文件。这种文件登记编目后，由机关首长和中央材料保管委员会批准销毁。
　　
　　材料工作总结
　　
　　在兴县刘家曲的各单位用了一个多月的时间将全部档案分类鉴别，经中央材料保管委员会划密、按重要性与机密性进行分类整理，还将不重要的事务性文件销毁了一部分，由原来的92箱精简到了64箱。档案数量将少了，但重点保护的档案更加明确了。为了以后查找方便。他们还细心地编制了一份《材料保管委员会材料目录》，送中央审批。这本目录中有《中秘文件目录》、《中机文件简报》、《中组材料简要目录》、《总政材料内容份数重量表》等。这个目录大纲是分别送在陕北的毛泽东、周恩来、任弼时和在河北平山的刘少奇、朱德以及中央后方委员会诸位领导参阅使用的。这些目录的共同特点为：第一，统计数字与介绍重要文件内容相结合，凡重要的文件均逐件编制目录，一看目录大纲，就知道了这份文件的发文者、基本内容、年月目、字数和份数：凡绝密文电都标有特种记号；凡不太重要文件介绍综合内容并有统计数字：第二，档案分类与重要文件电报填写细目相结合：第三，档案分类后仍保持各机关档案的完整，注明文件主要来源。有注明“中宣部”的、“城工部”的，也有注明“叶子龙来的主席材料”、“周公材料”等等，个人移交的文电也未分散。这个目录既有条理，又交待了来龙去脉，眉目清楚，既适用又保密，既有利于保护重点又方便查找。是战争年代编制出来的比较科学的查找存储工具。也是在那段时间里，前委以任弼时名义电告西北局副秘书长曹力如：“前中秘曾三交你保管在安条岭之文件十五箱，主要是《两条路线》、《六大以来》、《军事文献》等书。其次，为一部分抗战后，四零年以前各根据地文件原文及各种废旧印章待在无法保存或转移时烧毁。在目前敌人乱窜情况下，请再检查原藏地区是否安全，请你们负绝对保管责任，在危急时彻底烧毁。”这说明中共中央对这批文件和档案是非常惦记和关心的。
　　在兴县驻扎下来以后，一方面分类整理档案，一方面总结前一阶段档案转移的经验，各单位都作了总结。1947年6月11日，曾三写了《中央秘书处材料工作总结》，比较全面，且有一定的代表性，突出了战时档案工作的特点。一是，档案保管工作者必须熟悉档案内容。曾三指出，以往人们比较重视按年代、地区、机构和性质分类整理档案，但忽视了“阅读文件的内容”，不了解档案的重要性和机密性。平时还可以，战争来临，该存什么和该销毁什么就分辨不清了。1946年10月胡宗南进攻陕北，各机关要清理档案准备转移，有些单位就是没把档案按重要性与机密性分开，玉石不分地烧了大批该存的档案。这个惨痛的教训应当汲取，熟悉档案刻不容缓。二是，保管与研究相结合。曾三说，我从1945年9月来中央秘书处接触到档案工作者，他们在政治上对党忠诚，有与档案共存亡的决心，但对档案工作的“科学发展”却很慢，其根本原因就是只重保管不重研究。而“没有经过研究的保管工作，到战争时必然不能应付战争的情况”。因此，今后我们必须“保管材料，使用材料，研究材料……总结经验，步步提高。”三是，牢记收集与保管档案的目的。曾三指出，撤出延安后，有一部分同志认为只要使档案不损坏不丢失就行了，这是被动的和保守的思想。我们要了解收集与保存材料的目的有三：一为供中央今日决定政策的参考：二为供将来编修党史的参考：三为供检查工作总结经验的参考。我们要把材料保管委员会变成“中央材料库”，既要安全保护档案，又要在战争环境中“发挥材料的作用”，这才是称积的档案工作者。在总结中，曾三还指出：材料工作的领导者必须有培养干部的思想。培养德才兼备干部以迎接全国解放，而要培养干部就必须从政治上、思想上、文化上都加以提高，只有全面熟悉档案，才能够在平时有针对性提供利用，在战时有重点的保护档案。