目的:研究鸢尾科3种药用植物射干、鸢尾、马蔺种子的形态学及显微结构,为射干、鸢尾、马蔺种子的质量评价和鉴别提供科学依据。方法:用体式显微镜观察射干、鸢尾、马蔺种子形态,用石蜡切片方法制作射干、鸢尾、马蔺种子的切片,观察其显微结构。结果:射干和鸢尾种子均呈球形,外包黑色光滑的假种皮,表面有网状纹饰。射干种脐圆形或椭圆形,微凸,黄褐色。鸢尾种脐圆形,灰白色或黄白色。马蔺种子为不规则球形,暗砖红色、棕褐色或暗紫黑色,无光泽,内外种皮结合紧密,种脐黄白色,线形。显微结构可见,射干种皮细胞浅紫红色,鸢尾种皮细胞深紫色,马蔺种子不具假种皮,种皮结构较为复杂;三者的胚乳均较为发达、致密,胚位于中央。马蔺种子在形状、表皮颜色、假种皮有无、种脐颜色和形态上与射干、鸢尾种子有显著差异,从以上特征可与后两者予以区分;射干、鸢尾种子外观相似,但二者种脐的颜色和形态不同,种皮细胞颜色不同,可作为鉴别特征。结论:上述部分的特征可作为射干、鸢尾、马蔺种子的主要特征与其他物种区别,为三者的鉴别提供依据。