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据中国科学技术信息研究所《2007年版·中国科技期刊引证报告(核心版)》,《应用生态学报》2006年影响因子为1.461,在59种生物学类期刊中排名第4位(在1723种科技核心期刊中排名第36位);2006年总被引频次为5880,在59种生物学类期刊中排名第1位(在1723种科技核心期刊中排名第4位).