【摘 要】
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白叶枯病和条斑病是水稻最重要的细菌性病害。水稻白叶枯病菌（Xanthomonas oryzae pv. oryzae,Xoo）和水稻条斑病菌（Xanthomonas oryzae pv. oryzicola,Xoc）属于同种下的2个致病变种。鉴别Xoo和Xoc对检疫和防控这2种病害至关重要。Xoo和Xoc中的铁-红酵母酸/铁-粪生素受体基因fhuE因不同程度地缺失成为假基因。针对Xoc中有而Xoo
【机 构】
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水稻生物学国家重点实验室/农业农村部作物病虫分子生物学重点实验室/浙江省作物病虫生物学重点实验室/浙江大学农业与生物技术学院
【基金项目】
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上海市科技兴农项目（2019-02-08-00-08-F01150）； 浙江省重点研发计划（2019C02006）；
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白叶枯病和条斑病是水稻最重要的细菌性病害。水稻白叶枯病菌（Xanthomonas oryzae pv. oryzae,Xoo）和水稻条斑病菌（Xanthomonas oryzae pv. oryzicola,Xoc）属于同种下的2个致病变种。鉴别Xoo和Xoc对检疫和防控这2种病害至关重要。Xoo和Xoc中的铁-红酵母酸/铁-粪生素受体基因fhuE因不同程度地缺失成为假基因。针对Xoc中有而Xoo中缺失的fhuE部分序列设计引物，筛选出Xoc特异引物XocFhuE-F（5’-ATCGAACGATGTCACCAGGG-3’）和Xoc Fhu E-R（5’-AGAAACGTGCGGCCAGATAA-3’）。用Xoc Fhu E-F/Xoc Fhu ER能只从Xoc菌株中仅扩增出159-bp片段，并结合荧光染料SYBR Green I建立了实时荧光定量PCR（qPCR）和数字PCR（dPCR）方法来检测鉴定Xoc。其中：qPCR检测菌悬液中Xoc的下限是1.6×10~4CFU/mL，检测带菌种子中Xoc的下限是1.2×10~3CFU/粒。dPCR检测菌悬液中Xoc的下限是1.6×10~3CFU/mL，检测带菌种子中Xoc的下限是12 CFU/粒。综上所述，基于Xoc特异引物XocFhuE-F/XocFhuE-R建立的SYBR Green qPCR和dPCR为检疫Xoc和监测预警水稻条斑病提供了高效的检测方法。
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