目的探讨丹参川芎嗪注射液在脑血栓椎基底动脉系统供血不足患者治疗中的应用效果。方法选择2014年6月至2015年12月济源市人民医院收治的64例脑血栓椎基底动脉系统供血不足患者,根据入院先后顺序分为研究组与对照组,各32例。对照组采用疏血通注射液治疗,研究组采用丹参川芎嗪注射液治疗。对比两组临床疗效、治疗前后基底动脉血流速度和椎动脉血流速度。结果研究组治疗总有效率高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。治疗前两组患者基底动脉血流速度和椎动脉血流速度比较,差异无统计学意义(P>0.05);经治疗,研究组上述指标优于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论采用丹参川芎嗪注射液治疗脑血栓椎基底动脉系统供血不足患者效果显著,可有效改善其基底动脉血流速度和椎动脉血流速度。