为了探索荧光原位杂交(FISH)技术,研究窖泥微生物群落结构特征多样性,进行了纯培养微生物及窖泥微生物的FISH检测。以Escherichia coli、Bacillus subtilis、Lactobacillus planetarium、Acetobacter rancens、Clostridiumacetobytylicum 5株不同种属的细菌为对象,研究了影响荧光原位杂交(FISH)技术对其定量表征的因素,并将该技术应用于窖泥微生物群落的研究。实验结果表明,E.coli及L.planetarium的定量表征受到生长期的影响,在对数和稳定期的菌体检出率>82%,衰退期的L.planetarium则明显减少;死菌体比活菌体的检出信号显著减弱;经硫酸铝处理,除去腐植酸的窖泥样品明显地提高了可辨力,加入窖泥中的E.coli,FISH检出量为光学显微镜计数量的46.89%。采用FISH技术可视化定量表征了窖泥中细菌和古菌的特征,有益于从细胞水平研究其微生物群落的关系。