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基于自由空间链路进行的时间频率传递方案一直是国内外研究的热点.实验方案利用两个飞秒光学频率梳以及线性光学采样技术实现极高精度的自由空间时频传递,在该领域展现出巨大的潜力.为了对其进行更深入的研究测试,亟需开发一套空间时频传递综合控制系统,主要负责数据采集之后的大批量数据传输、数据处理算法实现以及对整个系统的控制.针对以上需求,给出了该系统的设计方案与主要流程图,最后基于实验运行结果对本系统的可行性进行验证.