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养殖自身污染是指因为养殖活动自身因素导致养殖水体及其邻近水域污染物含量超过正常程度，使水体生态功能受到影响的水体情况。自身污染主要起源于养殖进程中固态和液态废物的排放，如残饵、动物粪便和排泄物以及固态物质的溶出成分等。除此之外，养殖进程中投放的肥料、消毒剂、抗生素和其余药物也是自身污染起源的一部分。