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对两种超嗜热菌敏捷气热菌（Aeropyrum pernix）和风产液菌（Aquifex aeolicus）的密码子使用进行分析．相对密码子使用值（RSCU）的计算表明．它们在密码子使用上具有一定的相似性。但也有不同的使用模式，导致这一现象的机制可能存在差异．密码子RSCU值对应分析表明，两种菌中高表达基因均具有相对较高的CA3含量，但基因表达水平对密码子使用偏好的影响程度却不一样．在A．pernix中，它是造成整个基因组密码子使用偏好的最主要因素，而在A．aeolicus中却不是．