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目的分析台湾海峡异尖线虫病潜在病原线虫的rDNA序列，为建立病原分子生物学鉴别提供依据。方法剖检台湾海峡常见鱼类的寄生线虫幼虫，镜检分类。提取虫体DNA、用通用引物对rDNA进行PCR扩增、克隆、双向测序及BLAST比对。结果获得6条来自6种线虫幼虫的rDNA序列，其中的3种在GenBank数据库中没有发现匹配的序列；证实在台湾海峡分布的灰海鳗对盲囊线虫成虫和疑似其第三期幼虫实属同种；构建了基于ITS-2的序列间内部相似性程度关系树。结论异尖线虫病原幼虫所具有的分子生物学鉴别信息位点主要集中在ITS-2间