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学术自由分为两个层次：精神层面的学术自由（治学精神自由）和权利层面的学术自由（外在自由）。学术自由自产生之日起，就是学者治学精神自由的一种表现。保障学术自由最重要的是保障学者的治学精神自由。提倡学者治学要有“独立之精神、自由之思想”；培养学者容忍异己的气质；以怀疑的精神来建立学术批评的民间立场，并以此来保障学者的治学精神自由。