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对来源于日本、韩国和美国的42个大花蕙兰品种和两个国产兰属原生种进行了遗传多样性和亲缘关系的AFLP分析,9对多态性引物在50~500bp内共扩增出1597条带,其中多态性带1565条,多态性比率98.0%。单引物对扩增的带数156~193条,平均每对引物扩增带数177条。42个品种具特征带或缺失带。大花蕙兰品种间的遗传多样性丰富,品种间的相似系数0.3399~0.8223,平均相似系数0.5783。UPGMA聚类结果将供试品种分为4大类,与根据花枝类型或花径大小、花色等形态指标分类的结果相吻合,同一产地