基于重测序的不同生态型油梨的全基因组变异及进化分析

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为揭示不同生态型油梨间的差异,本研究对4份不同生态型油梨进行全基因组重测序,平均测序深度为26×,平均覆盖度为89.39%。通过与参考基因组比对,4份不同生态型油梨平均杂合率为64.26%。除了西印度群岛生态型油梨品种‘Donnie’的杂合率最低,为35.34%,剩下三份油梨品种的杂合率均超过70%。单核苷酸多态位点(SNP)数量在3 854 384到6 290 629个之间,小片段插入与缺失(Small InDel)总数在1 432 406到1 707 608个之间,这些突变导致了13 864到18 143个基因的变异。KEGG分析表明,淀粉和蔗糖的代谢通路在4份不同生态型油梨中均存在最多的变异基因。聚类分析表明,相对于西印度群岛生态型,危地马拉和墨西哥生态型油梨品种亲缘关系更近。研究结果在一定程度上反映了不同生态型油梨在基因组水平的差异,为分子标记辅助选择育种提供了科学依据。
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