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据2012年国际葫芦科遗传协会（CGC）年报中发表的《西瓜基因目录》所述，目前已知，控制西瓜果实瓤色的基因有8个：B、C、i—C、Wf、Y、Y、y、y。它们所控制的瓤色，取决于基因单独存在、2对基因配对或3对基因互作。在此过程中，基因及其相互间的作用决定了瓤色的表现型，从而为在育种工作中更好地应用基因组测序和分子标记等生物技术提供了依据和可能。