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自然保护区是保护自然资源和生物多样性的重要手段。随着我国自然保护区事业的蓬勃发展，保护区在管理过程中彰显出各种问题。本文以新疆阿尔金山国家级自然保护区为研究对象，研究表明：保护区在管理过程中存在着较多问题，并提出相应的解决措施，为阿尔金山国家级自然保护区提高管理水平打造一流自然保护区，提供管理思路和参考。