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基于双FPGA芯片的可重构原型系统，提出一种系统高速全局动态重构设计方法。利用Xilinx Virtex-7系列FPGA的常规配置通道，使用一片规模较小的FPGA芯片作为重构控制器对大规模算法FPGA芯片实现全局动态重构，实验结果表明。系统重构时间小于60ms，与常规FPGA逻辑下载方法相比，配置效率提高了2～3个数量级。