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目的：对彩超诊断先天性椎动脉入横突孔位置变异进行临床分析。方法：选取2010年11月-2013年11月我院收治的先天性椎动脉入横突孔位置变异患者100例，分别进行彩超和CT进行检查，对检查结果进行分析。结果：彩超组患者准确诊断比例、患者满意度、变异位置诊断等对比CT检查患者，差异性无明显差异性，无统计学意义（P>0.05）。两组患者均未刚发生因检查诊断导致严重不适症状和不良反应发生。结论：应用彩超进行先天性椎动脉入横突孔位置变异准确诊断率高，病变部位确诊明确，无严重不适症状和不良反应发生，可依据患者的情况进行应用和诊断。