【摘 要】
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随着环境基因组学及深度测序技术的发展,基于16SrRNA基因序列研究微生物种群结构取得了长足进展。然而,由于环境样本的复杂性,尤其缺少真实背景信息,定量研究环境微生物种群
【机 构】
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西北工业大学自动化学院,耶鲁大学医学院
【基金项目】
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国家自然基金重点项目(61135001);国家自然科学基金(61170134,60775012);航空基金(20100853010);西北工业大学博士论文创新基金(cx201017)资助
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随着环境基因组学及深度测序技术的发展,基于16SrRNA基因序列研究微生物种群结构取得了长足进展。然而,由于环境样本的复杂性,尤其缺少真实背景信息,定量研究环境微生物种群结构仍是当前的研究难点。测序算法仿真平台研究,不仅有助于定量、定性分析微生物种群组成及结构,而且有助于建立基准数据库来评价当前微生物数据分析算法。分别基于易错PCR误差模型和正态分布过程,模拟454测序仪乳液PCR过程及边合成边测序过程,提出454测序仪模拟测序算法(Tsim)。仿真结果表明:该模拟算法能较好地模拟454测序过程。
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