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重点学科建设是地方教育事业发展的重中之重,在现实中存在着各种复杂的问题。地方政府作为国家与高校之间的中介因素,具有代理人与委托人的双重身份,在实践中存在着管理上的诸多问题,需要通过进一步理顺委托—代理关系,加大资金投入与监管力度,建立项目管理和学科特区等途径来促进其在重点学科建设中的功能的发挥与持续改进。