食品药品监管总局机关纪委以改革创新精神积极构建联合监督执纪工作机制，着力破解长期困扰的监督执纪难题，有力提升了机关纪检工作的实效性和权威性。
　　一是以破解难题为导向，构建联合监督执纪工作机制。食品药品监管总局职能涉及食品、药品、特殊食品、化妆品和医疗器械“四品一械”的审评审批和监督检查，资金和事权较集中，被“围猎”的风险高，社会关注度高。实施归口派驻后，在编制紧张的情况下，总局党组仍拿出行政编制，设立机关纪委办公室，接手处级及以下党员干部的监督执纪工作。
　　总局党组提出，“积极探索机关纪委直接领导下的各直属单位纪检监察干部联合办案工作机制、考评选拔机制，克服单兵作战力量不足的问题，形成整体合力，使纪检力量真正强起来、硬起来。”经过深入调研和征求意见，党组印发了《关于建立总局直属单位纪检组织联合监督执纪工作机制的意见》（下称《意见》），赋予机关纪委统一调配使用直属单位纪检干部，采取“一事一授权”方式，组建联合监督执纪工作组开展工作的权限，为解决监督执纪力量薄弱这一难题闯出了新路。
　　二是以强化领导为目标，优化联合监督执纪工作程序。总局党组明确要求各直属党委须成立纪委并配备纪委书记，直属支部须配备纪检委员，纪委书记和纪检委员由本单位本部门班子成员担任。同时，每个直属单位须配备专职纪检干部。
　　《意见》按照“两个为主”的要求，以强化机关纪委对直属单位纪检组织的领导为目标，在有关程序上作出规定：一是明确联合监督执纪工作以机关纪委的领导为主，工作组及工作人员严格按照授权事项和任务方案开展工作，严格执行请示报告制度和审批手续，不准越权批办事项、擅自处理问题。二是强化机关纪委在直属单位纪委书记和纪检干部提名考察中的作用，在选拔任用纪委书记和纪检干部时须考虑其参加联合监督执纪工作情况。三是采取交叉办案和跨部门办案方式，解决一些纪委书记和纪检干部因“低头不见抬头见” “怕得罪人、丟选票”致使不愿监督、不敢监督等问题。
　　三是以维护党纪为根本，提高联合监督执纪工作成效。联合监督执纪工作组聚焦维护党的纪律，其工作内容可不拘一格。可以是核查问题线索、办理重要案件的执纪工作组，可以是监督检查党规党纪和决策部署执行情况的监督检查组，也可是违纪问题根源分析的调查研究组、制定纪律要求的制度起草组。
　　《意见》实施不久，机关纪委就组织了两个工作组，对总局党组巡视移交的四件问题线索进行了初步核实。工作组不辞辛苦，加班出差，清查材料，开展谈话，高质量、高效率地完成了初核任务。这四件问题线索，有的涉及面广，需要到华东、西北有关单位调取证据；有的延续时间长，需要翻查核实十年以来的各类材料。如果仅由机关纪委办公室承担，既难以兼顾日常监督工作，也难以保证质量和效率。2017年底，又采取联合工作组方式，对一起案件进行审查，来自机关纪委和三个直属单位纪委的纪检干部组成两个谈话调查小组和一个审理工作小组，严格按照有关规定开展相关工作。
　　四是以建设队伍为中心，锤炼干部监督执纪工作能力。机关纪委以联合监督执纪工作机制为平台，开展“以干代训”“以案代训”，锻炼了队伍，提升了纪检干部的综合素质、业务技能和履职能力，并改进了工作作风，增强了纪检干部的責任感和使命感。总局机关纪检工作也从“机关纪委的责任”转化为“全体纪检干部的责任”，增强了整体荣誉感和团队精神。各直属单位纪委书记和纪检委员通过参加联合监督执纪工作组，将工作中的好经验、好做法带回所在单位和部门进行学习借鉴，也将发现的问题带回去对照检查，举一反三，防患未然。