1898年到1907年是王国维专攻哲学的时期。其时他认为哲学是出于人的精神的内在需要,具有其内在的价值,并强调哲学是人文教育的根本。针对清政府于1902年、1904年分别颁布的壬寅学制和癸卯学制,王国维在《奏定经学科文学科大学章程书后》一文中提出了他的大学人文学分科方案。这一方案中最显著的特点就是以哲学来代替经学的地位,其背后隐含的是以哲学代替宗教的思想。1907年,王国维宣布放弃哲学研究。后人常常根据他"可爱者不可信,可信者不可爱"的自述,认为他是出于情感和兴趣上的原因而放弃了哲学,其实真正的原因在于他对科学的认同使他无法再相信他原本就喜欢的形而上学。而这也是他转向史学研究的一个重要原因:科学的方法可以充分运用于史学,且史学也是接引古典教化传统的一种方式。他写于1911年的《国学丛刊序》实质上就是为可以充分运用科学方法的史学张目。1912年,王国维在日本以烧毁《静庵文集》的激烈行为明志,从此明确走上了以史学接引古典教化传统的道路。