【摘 要】
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本研究利用Illumina高通量测序技术对PP333处理的朱顶红进行了RNA-seq测序,共获得26.91 Gb的数据,对其进行过滤去冗余后得到Unigene 106 684个,总长度为92 002 803 bp,平均长
【机 构】
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漳州职业技术学院食品工程学院,漳洲,363000;福建农林大学,园艺植物生物工程研究所,福州, 350002
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本研究利用Illumina高通量测序技术对PP333处理的朱顶红进行了RNA-seq测序,共获得26.91 Gb的数据,对其进行过滤去冗余后得到Unigene 106 684个,总长度为92 002 803 bp,平均长度为862 bp,N50为1 494 bp,GC含量为42.47％,Q20均达98％以上,表明测序质量较好.根据七大功能数据库比对结果,分别有53 853(NR:50.48％)、29 732(NT:27.87％)、35 889(SwissProt:33.64％)、42 221(KOG:39.58％)、40 258(KEGG:37.74％)、12 186(GO:11.42％)以及42 559(InterPro:39.89％)个Unigene 获得功能注释.根据Nr注释结果,可匹配到物种为油棕、海枣、小果野芭蕉、莲等.在KOG注释中通用功能和预测占比最高.按GO功能分类,可分为生物过程、细胞组成、分子功能三类,52个分支,大量Unigene与代谢过程、细胞过程及单生物过程相关.按照KEGG功能分类,分为6类,21个功能组,大量Unigene与代谢相关,占比60.39％.本研究结果为朱顶红的矮化机理研究及其基因挖掘提供依据.
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