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巴彦温多尔金矿床大地构造位置处于华北板块和西伯利亚板块之间的火山型被动陆缘,两大板块对接碰撞带上,受巴彦温多尔—巴润萨拉韧性剪切带控制,以印支期构造变形为主。韧性剪切带总体表现为强、弱应变交错出现的格局。带内宏观、微观构造特征明显且典型,糜棱岩系列发育较全,剪切带有先左行后右行的韧性压剪变形的特点。该剪切带形成温度约220℃、围压约270 MPa,距地面约11 km的地壳深部,以硅化、黄铁矿化、绢云母化、绿泥石化、滑石化、方铅矿化、闪锌矿化和粘土化等中低温蚀变作用为主,属中低温剪切变形。通过对成矿地质背景