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以2005-2012年全国31个省份的高等学校科研投入产出面板数据为依据，选取教学与科研人员和科技经费当年内部支出为投入指标，选取专著数量、论文数量、专利授权数、获奖数、技术转让当年实际收入为产出指标，采用Malmquist指数方法，从多个视角切入，分析了全国高等学校科研效率的动态变动情况。结果发现：2005-2012年，我国高校科研效率总体上呈上升趋势，但变动趋势并不稳定。无论是从整个时间序列来看还是分阶段来看，科研效率增长主要来自于技术进步因素，而非技术效率的改善；科研效率的增长呈现出明显的地区差异，