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真相欲求是刑事司法的关键目标之一,但不同诉讼主体对“真相”的建构可能不同。以“复旦投毒案”为例,控辩双方既对“整体论”与“原子论”的认知路径存在分歧,又对“排除合理怀疑”存在明显的认知差异,致使双方对案件性质的认定截然不同。要解决此冲突,法官应整合“原子主义”“整体主义”思维,并为“排除合理怀疑”划界,但对“原子论”的追求应止于诉讼经济理性,对“合理”的理解不可超越经验、逻辑而向裁判可接受性妥协。总体而言,真相发现需要以诉讼公正为底线,应回归程序理性指导下的价值权衡原则,进而弥合双方的诉讼认知差异。