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DNA计算是将现实问题进行编码映射到DNA分子上，通过生物实验产生出代表问题的解的DNA分子，最后通过检测技术提取出该DNA分子。高质量的DNA编码可以尽可能避免或减少计算过程中出现的错误，并使检测阶段易于提取出代表问题的解的DNA分子：对DNA编码约束进行了研究，分析了基于汉明距离的编码约束可以有效降低DNA分子间相似程度，减少DNA计算过程中DNA分子间的相互干扰，从而提高DNA计算的有效性和可靠性。还证明了基于汉明距离的编码约束存在等价的序列组合，降低了编码计算的复杂度。