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以科技投入与产出建立绩效评价指标体系，根据模糊评价矩阵构造用于确定各评价指标权重的判断矩阵的新思路，将修正判断矩阵的一致性和计算层次分析法中各要素的权重的模糊综合评价新模型应用到科技投入绩效评价中，进行实证分析得出2001年—2006年南京市科技投入绩效分数，最后提出提高科技投入绩效的对策建议。