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近年来,药材污染真菌毒素事件时有报道,引起国内外广泛关注。真菌毒素能引发肝毒性、肾毒性等重大毒性反应,严重威胁了消费者生命健康。曲霉属真菌是污染中药材的主要优势菌群之一,对中药材污染曲霉属真菌进行快速准确鉴定可对中药材真菌毒素污染进行早期风险预警,这对保障中药材的有效性和安全性具有重要意义。对曲霉属真菌的分类、鉴定以及中药材污染曲霉属真菌鉴定研究进行系统综述,同时对利用高通量测序技术鉴定中药材污染真菌的前景进行了展望。