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新旧制度经济学一直存在方法论上的争论，一般认为旧制度主义者使用的方法论是整体主义的或集体主义的，新制度主义者使用的方法论是个体主义的或个人主义的，但随着它们之间的相互碰撞，二个制度学派互相承认了对方的存在，方法论也随之发展到以哈耶克为代表的方法论二元观，并最后被Agassi等制度经济学家整合为制度个人主义。