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【目的】构建花莲核心种质，以利于对花莲种质资源的保存、研究和利用。【方法】利用AFLP分子标记，对395份花莲原始种质按照种属来源分组后采用组内简单比例法和聚类抽样法建立候选核心种质，比较不同候选核心种质的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数等参数，最终确定花莲核心种质，并进行核心种质与原始种质的遗传多样性比较和t检验。【结果】所获得88个品种的花莲核心种质包括60份中国花莲品种，3份美洲黄莲，16份中美杂交莲和9份日本莲品种