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采用新开发的ff12SB力场在NVIDIACUDAGPU上对HIV-1蛋白酶的活性位抑制剂体系和异位抑制剂体系分别进行了100ns的长时间分子动力学模拟,并用MM—PB/GBSA方法计算了活性位点抑制剂TL-3与HIV-1蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中分子片段2-甲基环己醇结合在Exo位,有利于抑制剂被束缚在活性位点附近。异位抑制剂体系中抑制剂TL-3与蛋白酶的结合自由能为-85.78kcal/mol,活性位抑制剂体系中为-79.45kcal/mol。这些结果有助于深入了解HIV-1PR的动力学过程