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论文是本科教育教学过程中不可替代的重要环节之一，是检验学生综合素质的重要手段。以干酪乳杆菌异源表达胆盐水解酶为例，从论文选题、实验准备、实验研究和论文撰写等方面介绍上海理工大学食品微生物本科毕业论文实验的有关探索。学生通过综合运用所学理论知识和实验技能，能够顺利完成毕业论文实验，构建出具有工业应用潜力的耐胆盐干酪乳杆菌基因工程菌，达到本科毕业论文实践教学的目的。